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doxygen -g #生成配置文档
doxygen ./Doxyfile #以配置Doxyfile生成doxygen文档

配置选项:
PROJECT_NAME:工程名称
OUTPUT_DIRECTORY = ./document
:输出文档目录
INPUT:代码目录
RECURSIVE = YES: 是否递归子目录
EXTRACT_ALL = YES
EXTRACT_PRIVATE = YES
EXTRACT_STATIC = YES
FILE_PATTERNS 识别的文件格式

git branch -d $BRANCH_NAME # 删除分支
git reset head (--{file})  # 将已经stage的文件丢弃到working directory
git stash save "message" # stash当前已经stage的文件,以message保存
git clone -b [branch] [repo] #clone指定branch
git branch -a # 列出包括远程分支在内所有分支
git branch --set-upstream-to=my_origin/master master #将master track到my_origin/master
git clean -fd -n #查看clean会删除的文件
git clean -fdx #删除untracked file
git checkout -- [file] #将文还原为上次提交的版本(若在暂存区中则还原暂存区中版本,否则还原版本库版本)
git remote -v 查看所有远程分支指向
git remote 


clone 后 单独初始化 submodule :

git submodule init
git submodule update

MPI : Message Passing Interface
多线程编程中进程间消息传递

进程(process) 线程(thread)
threads 之间共享 process 的 address space 和resource

thread safe:线程安全,多个线程访问时不会出现race condition

两种common通信协议
Eager协议:发送进程主动发送,不考虑接收进程是否有能力接收,适合发送小消息
Rendezvous协议:在接收端协调缓存接收信息。适合发送较大消息

rank:每个进程的编号,通过指定rank进行进程间通信
displacement,lb,rb单位均为byte

#include "mpi.h"
MPI_Init(&argc, &argv); //初始化MPI
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank); // 获取rank
MPI_Get_processor_name(name, &namelen); // 节点hostname
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size); // process数量
MPI_Finalize();

MPI_Reduce:将多个进程的结果合并到主进程

MPI_Reduce(
    void* send_data,
    void* recv_data,
    int count,
    MPI_Datatype datatype,
    MPI_Op op,
    int root,
    MPI_Comm communicator)

send_data :需要reduce的data,type为datatype
recv_data:rank root接收的信息,大小sizeof(datatype) * count
op : reduce操作符 e.g. : MPI_MAX, MPI_MIN ....

MPI_Allreduce 将多个进程结果reduce后传给每个进程

MPI_Allreduce(
    void* send_data,
    void* recv_data,
    int count,
    MPI_Datatype datatype,
    MPI_Op op,
    MPI_Comm communicator)

同reduce,不需要root

MPI_Iprobe:非阻塞对信息检验

int MPI_Iprobe(
    int source, 
    int tag, 
    MPI_Comm comm, 
    int *flag, 
    MPI_Status * status)

在接收前检测接收的信息,不需要真正接收
使用MPI_Recv接收信息

MPI_Probe:阻塞的对信息检验

int MPI_Probe(
    int source, 
    int tag, 
    MPI_Comm comm, 
    MPI_Status *status)

MPI_Iprobe,阻塞检验

MPI_Recv:阻塞接收信息

int MPI_Recv(
    void *buf, 
    int count, 
    MPI_Datatype datatype,
    int source, 
    int tag, 
    MPI_Comm comm, 
    MPI_Status *status)

阻塞接收信息,在写完buf后返回,可以先于对应send返回

MPI_Send(&outMsg, msgLen. MPI_CHAR, receiver, tag, MPI_COMM_WORLD);
MPI_Recv(&inMsg, msgLen, MPI_CHAR, sender, tag, MPI_COMM_WORLD, &stat);

MPI_Bcast 一对多广播

MPI_Bcast(
void* buffer, 
int count, 
MPI_Datatype datatype, 
int root, 
MPI_Comm comm)

count : 信息长度

MPI_Scatter 一对多发送不同消息
MPI_Gather 多对一收集不同消息
MPI_Scatterv 一对多发送不同长度消息
MPI_Gatherv 一对多接收不同长度消息
MPI_Scan 相当于结果为前缀和的all_reduce

MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Finalize();

open mpi

mpirun -n 16 sst emberLoad.py #指定mpi以16个rank执行

主定理

形如 $$ T(n) = a\cdot T(\frac{n}{b}) + f(n)$$
若$$f(n) = O(n^{log_b a-\epsilon})$$,则 $$T(n) = \Theta(n^{log_b a}) $$
若$$f(n) = O(n^{log_b a}\cdot log^k n)$$,则$$ T(n) = \Theta(n^{log_b a} log^{k+1} n) $$