每周乱搞日记(1)
为了push自己开了这个坑
主要记录一周里面每天在 实验室 和 超算 那边干的事情
以及大作业等方面的见闻
避免划水
5.5
尝试去装超算的Gromacs
看起来是一个分子模拟的应用
需要用到 intel 的 MKL 库
尝试去官网里面下，由于需要登录信息，因此wget的时候需要指定cookie wget --load-cooikes=cookies.txt [site]
安装时运行install.sh,自选了不安装Fortan部分
upd : 这个在编译的时候报了迷之错误，可能是MKL库没有链接好的问题，之后去问下学长吧
5.6
今天应该以TVM为主
首先在看TVM的developer guide,对TVM的语法结构更深地认识一下。
compiler stack中所有language object都是Object的子类
每个object有一个string type_key表示object的type
ObjectRef 相当于Object的sharedptr
每个Object的子类需要包含VisitAttr函数，通过重载VisitAttr访问成员
跑docker需要先加到docker组里面
和适之学长讨论了用TVM实现aspt的问题
目前的问题在于即使实现了thread间通过atomic_add的reduce功能，由于每个行块中列块数量不同，因此无法直接将列块数量视为一个额外的维度处理进行reduce
目前的方法是对每个行块中的所有列块用一个kernel进行reduce，但这种实现方法要求这些kernel之间并行执行
为此需要使用不同的stream执行这些kernel
那么现在的问题就是研究tvm使用stream的机制
TVM计算图中的node是placeholder或computational node
每个node包含：op(operation type)，name等
TVM基于dmlc/HalideIR
HalideIR中loop_type(a,b)表示区间[a,a+b)
TVM中loop_type(a,b)表示区间[a,b)
HalideIR中的四种loop形式：
* A for loop. Execute the 'body' statement for all values of the
* variable loop_var from 'min' to 'min + extent'. There are four
* types of For nodes. A 'Serial' for loop is a conventional
* one. In a 'Parallel' for loop, each iteration of the loop
* happens in parallel or in some unspecified order. In a
* 'Vectorized' for loop, each iteration maps to one SIMD lane,
* and the whole loop is executed in one shot. For this case,
* 'extent' must be some small integer constant (probably 4, 8, or
* 16). An 'Unrolled' for loop compiles to a completely unrolled
* version of the loop. Each iteration becomes its own
* statement. Again in this case, 'extent' should be a small
* integer constant.
5.7
开始调研搜索引擎大作业的技术栈
看bert-as-service的时候发现pretrained BERT Chinese是character-based。
目前的初步想法：从训练集中提取关键词，所有处理都基于这些关键词
5.8
白天在搞搜索引擎大作业
目前实现了从xml的value里面提取关键词，构造出一个jieba的关键词表。
发现正则处理简单xml的效果还不错
关键词主要有value里面出现过的，以及《》中的法律条文
然后用jieba对QW(全文)部分进行分词
下一步是通过word2vec构建词向量
晚上的时候主要focus在gormacs的编译上
折腾了好久，甚至在尝试把编译栈转移到icc上面，但后来发现他还依赖cuda，也就是说转移的话需要用icc编译的cuda
编译了一个icc的openmpi，icc编译的时候很慢，但编译后文件体积不大
最后和家傲学长的编译命令对比才发现，我看文档的时候不够仔细，文档的说明里面已经写了load mkl或者 加一个mkl的选项,但我load之后又加了选项，导致gg
目前为止的结论是cmake多生成的都会堆到当前文件夹下
所以把build删了就可以重新编译
5.9
在使用word2vec训练词向量
默认的epoch是5个
gromacs文件：
.pdb : protein databank file 描述分子结构
.top : topology 定义分子 包含nonbonded parameters (atom types and charges)和bonded parameters (bonds, angles, and dihedrals)，topol.top : system topology
.gro : GROMACS-formatted structure file ,force field中的所有原子
5.10
早上起来继续看gromacs
.mdp : molecular dynamics parameter
.tpr : 系统中所有原子的所有参数，可通过.mdp生成
尝试跑了一下lignocellulose-rf.tpr的测例来测试性能
发现gromacs有一个GMX_THREAD_MPI的选项，不支持多机，但据说可以比MPI快一点
实测并没有太大用处
mpi版本命令：mpirun -n 4 gmx_mpi mdrun -s lignocellulose-rf.tpr -v -deffnm temp -ntomp 4 -nsteps 1000
threadMPI版本命令：gmx mdrun -s lignocellulose-rf.tpr -v -deffnm temp -ntomp 4 -ntmpi 4 -nsteps 1000
发现当前的编译选项用的是FFTW的数学库
目前感觉如果换一个intel-mkl的话可能可以获得性能提升
但现在mkl找library的时候还会遇到之前的问题
家傲学长说cmake有一个findmkl的子模块，之后去了解一下